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February 12, 2008 / tninja1980msn

异想天开:网络的功能标注方法

把这个方法加到network query的程序上去了,上海市生物信息中心的朋友可以到 http://192.168.0.106:8180/NetQuery 试用,钩选Dynamic Network Function Mapping的选项再submit即可。 

现在采取的方法是对整个网络的所有节点进行enrichment分析。但这种方法太ugly不说,而且不考虑网络的拓扑结构,无法看到基因和功能之间的关系。

新的目标要找出一组合适的功能,尽可能不重复的覆盖整个网络,并且动态的将功能名称标注到网络中合适的位置上去。

这个目标可以分解为两个任务:寻找一组合适的功能;如何标注到图上

寻找一组合适的功能,实际上是一个组合优化问题。目标包括四个方面:同一功能的基因在网络中密集;所有功能涉及的基因占整个网络百分比高;不同功能涉及的基因间重复率
低,功能数目尽量少。将目标转换为合适的目标函数,并用遗传算法加以搜索。搜索前,可以通过功能概念粗细,功能涉及基因密集度等阈值筛选掉一批功能,从而加快搜索的
速度。

标注到图上的方法,简单的就是将功能本身变成节点,然后布局。节点形状最好特别一些,功能到基因间连线也用虚线。

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One Comment

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  1. / Feb 13 2008 9:04 am

    方法好深奥。。。
    PS:相册里的照片也太Ugly了一点

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